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tikz, node, text, graphicx

%% \usepackage[dvipdfmx]{graphicx}
\usepackage[pdftex]{graphicx}

dvipdfmx を入れっぱなしで、 tikz の node 内の text の centering がおかしいことになっていた。
graphicx 自体をコメントアウトするか、 option を pdftex にする。
出力の仕方に応じてちゃんとオプション変えましょうとかそういう話。

参考
graphicx - TeX Wiki